Testemunhas disseram que algumas das vítimas foram queimadas vivas no ataque, que ocorreu na cidade de Mamudo, no estado de Yobe.
Dezenas de escolas nigerianas foram queimadas em ataques semelhantes desde 2010.
Yobe é um dos três estados para os quais o presidente Goodluck Jonathan declarou estado de emergência em maio.
Milhares de soldados teriam sido enviados para proteger a região.
Um repórter da Associated Press descreveu cenas dramáticas ocorridas em um hospital em Potiskum, localidade próxima a Mamudo, onde pais desesperados tentavam encontrar os filhos entre corpos carbonizados e vítimas de bala.
Sobreviventes disseram que os supostos militantes atearam fogo à escola com galões de combustível.
Alguns alunos teriam sido queimados vivos, outros teriam sido baleados enquanto tentavam fugir.
O correspondente da BBC em Lagos, Will Ross, diz que a região tem sido alvo de ataques do grupo radical Boko Haram.
Desde 2012, mais de 600 pessoas teriam sido mortas por esse grupo, que luta para derrubar o governo e estabelecer um Estado islâmico no norte da Nigéria.
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